盐田港
盐田港位于深圳经济特区的东部，南海大鹏湾海域的西北部，南与香港九龙半岛隔海相望，东经114°15′，北纬22°35′。从水路到香港维多利亚港53海里，至广州黄埔港121海里，至珠海经济特区九洲港75海里。是平(湖)盐(田)铁路、惠深高速公路、盐坝高速公路的起点，交通十分便捷。盐田港区自然岸线长6公里，水域面积250平方公里。岸边水深-15-20米。由于大鹏半岛与九龙半岛天然的屏障掩护，湾内水深浪小，无淤积，大型船舶可自由进出及锚泊，是少有的天然良港，是中国沿海四大国际中转深水港之一。
大亚湾核电站专用码头
大亚湾核电站专用码头位于深圳市大亚湾畔，距深圳市中心约45公里，离香港岛约50公里。该码头是由广东核电合营公司投资兴建，1985年11月经国务院批准在核电站建设期间对外国籍船舶开放。主要是为大亚湾核电站建设所需材料和设施设备服务。为适应继续建设岭澳核电站和保证大亚湾核电站正常运作的需要，1997年1月14日，国务院批准该码头继续对外国籍船舶开放。
赤湾水运口岸
赤湾水运口岸位于珠江口东岸、深圳市西部南头半岛西南端，是天然避风良港，航道水深为-10.6米，是一个不可多得的深水码头。港区周围锚地可同时停泊10艘万吨级以上的货轮。该口岸于1982年8月动工兴建，由我国第一家中外合资联合企业的中国南山开发股份有限公司建设和经营，1984年5月经国务院批准对外国籍开放。现码头岸线总长为2.89公里，已建成大、小型泊位25个，其中5万吨级集装箱专用泊位3个，最大靠泊能力为6.5万吨。