深圳是中国拥有口岸数量最多、出入境人员最多、车流量最大的口岸城市。也是中国唯一的海陆空口岸俱全的城市。
海陆空口岸
已建成通往境外各类口岸17个，经国务院批准的一类口岸12个。其中包括中国最大的陆路客运口岸—罗湖口岸，中国最大的陆路货运口岸—皇岗口岸，中国第二大集装箱海港—盐田港，中国第四大空港—宝安国际机场空运口岸。另有文锦渡、沙头角等陆路口岸；蛇口、妈湾、赤湾、东角头、梅沙、大亚湾核电站专用码头等7个海港口岸。
深圳海关
从1900年晚清在深圳河边设立关口开始，深圳海关历经百余年沧桑。 作为国家设立在深圳口岸的进出关境监督管理机构，深圳海关业务管辖区域包括深圳市、惠州市的惠阳和惠东地区。
2006年经过一线口岸出入境人数1.53亿人次；出入境交通工具1433.76万辆（艘）次。采用通道自动核放系统，自动验核１部车辆仅需４－５秒。
港口航运 深圳港口码头岸线长逾15公里，建成蛇口、盐田等9个商业港区，500吨以上泊位141个，其中万吨以上经营性深水泊位53个。40多家世界著名集装箱船公司在深圳港开辟近远洋国际集装箱班轮航线150多条。 2006年深圳港集装箱吞吐量1847万标准箱，增长14％，继续稳居全球第四。
蛇口、福永客运码头均有开往香港机场的船班，全年深圳港旅客吞吐量累计345万人次。
民用航空
深圳宝安国际机场是全国一级民用机场，已跻身我国四大繁忙空港之列，现已开辟国际、国内航线110多条，国际航线14条。2006年机场旅客吞吐量1836万人次，比上年增长12.7%；连续五年稳居全国第四，跻身全球100强。
铁路运输
铁路四通八达，在全国率先开通准高速铁路。贯穿中国大陆的两条主要铁路干线——京广线和京九线在深圳交汇。铁路长途运输开行深圳至北京、郑州、合肥、九江、武汉、长沙、岳阳、肇庆、韶关、茂名、河源、梅州、汕头和香港九龙等列车。
地铁交通
地铁一期工程已于2004年底建成通车。深圳轨道交通四号线由深港两地合作建设，将于2008年连接香港地铁网络。
根据有关规划，到2010年，深圳市将建成238．7公里的轨道交通网，半数市民出行将靠轨道交通网，在网线内到达任一目的地换乘次数均不会超过3次。
公路运输 深圳公路、高速公路、并高速公路网络贯通珠江三角洲。
全市有汽车客运站44个，注册公路客运企业95家；每日穿梭于广州—深圳间的高速空调大巴达150多辆；每日往返于深圳、香港两地的直通巴士达300车次；全市共有货运车辆近7万辆，总吨位约20万吨。公路集装箱运输发展迅速，注册集装箱运输企业83家，集装箱运输车辆2232辆。
货运客运
2006年深圳空铁货物运输呈现普遍增长的平稳发展态势。水路、民航货物运输增幅尤为突出，均接近或超过20%。
公共交通 深圳路网总长2800多公里，其中公路通车里程超过1400公里，通行高速公路200多公里。快速道路系统使特区一、二线通行时间缩短至半小时以内，深圳至广州等周边城市通行时间缩短至1小时左右。
2006年末全市实有公共交通营运车辆19493辆，其中大巴7305辆，中小巴1883辆，出租汽车10305辆。